如果是做1级评论，可以参考Flatcomments模块，如果做2级评论，一个简单的方法是二级评论就不再显示评论链接了。参考代码如下，基于Drupal7:

<?php
function theme_preprocess_comment(&$variables) {
  if ($variables['elements']['#comment']->depth > 1) {
    unset($variables['content']['links']['comment']['#links']['comment-reply']);
  }
}
?>

有一个模块，不过也没试过。

Two level comment

https://drupal.org/project/tlcomment

其实我觉得可以忽略这个多级，只是在显示的时候，把多级变成只有两级就可以了。

数据库保存保持原状就OK。

参考这个帖子：

https://drupal.org/node/323237