这个还是比较难的，你比较容易得到的是当前开启的模块列表。

对于没启用的模块是否可以清理，有个模块可以帮你判断，http://www.drupalproject.org/project/unused_modules

但是是否有功能在使用某个模块，除非项目是你一个人的，你了解项目的方方面面，否则很难确定一个开启的模块是不被使用的，或者说模块是否有用和需求有很大关系。

另外，如果能有特别完善的自动化测试，你可以试试每关闭一个模块，跑一遍测试用例，不过另一方面，如果贸然关闭模块，可能会影响网站的稳定性。

所以，可能最好的方法就是在测试环境一个一个的实验，找到确定无用的，然后在线上禁用相关模块。

这个不知道你为什么有这个需求，在我看来是对项目文件洁癖的需求，呵呵，其实module被禁用，其相关的php文件不会被加载进内存，对性能来说没什么损耗，一定要干净清理的话，首先是uninstall，一般写的好的，写的严谨的模块，会在hook_install里卸载数据表和删除一些变量，等工作，如果碰到module没这么干，你你就需要手动干了。