function phptemplate_preprocess_page(&$vars) {
  drupal_add_js($theme_path . '/js/your_js.js', 'theme'); 

  $js = drupal_add_js();
  unset($js['core']); 
  unset($js['module']); // or
  unset($js); // but then it would also clear the drupal_add_js above
  $vars['scripts'] = $js;
  }

drupal_add_js 对不同theme添加js这个还不知道，但是上面的代码可以让你在不同的theme里面unset不用的js文件，应该能满足你的要求。