Innodb数据库对于已经删除的数据只是标记为删除，并不真正释放所占用的磁盘空间，这就导致InnoDB数据库文件不断增长。

如果在创建数据库的时候设置innodb_file_per_table=1，这样InnoDB会对每个表创建一个数据文件，然后只需要运行OPTIMIZE TABLE 命令就可以释放所有已经删除的磁盘空间。

RDS的话，需要用RDS的控制台修改，RDS需要批量操作表的话，参考RDS的帮助文档，刚开始我也是没找到批量操作表，一个一个优化，太慢了。
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